明嘉靖间（1522至1566），塔木构檐廊毁于兵燹，仅存塔芯，赭色砖塔，颓然苍老，别具风情。
与西湖对岸宝石山上亭亭玉立的保俶塔喻为“保俶如美人，雷峰似老衲”。
清代，塔外廓木廊仍未恢复，依旧为残存之赭色砖塔。
康熙南巡时题额“雷峰西照”。
雷峰塔知名度之高，与中国民间广为流传之神话故事《白蛇传》密切相关，故事中女主人公白蛇化身白素贞，被法海和尚禁锢塔内。
清后期，塔因年九不修，又因迷信者盛传塔砖能辟邪宜男，盗挖者日增，塔基开始削弱，清末民初期间为保证古塔景观，当局曾筑墙护塔，但挖砖者仍屡禁不绝。
民国十三年（1924年）九月二十五日（夏历八月二十七日）下午一时四十分，塔终因塔砖盗挖过多，加以塔址附近汪庄造屋打桩引起之巨大震动而轰然倒坍，当时杭州市民闻讯争往观看，万人空巷。
《一切如来心秘密全身舍利宝箧印陀罗尼经》经卷等珍贵文物真形显露。
自此之后，西湖十景也因雷峰塔的消失而残缺经年。
在西湖南岸夕照山雷锋上，吴越国时建塔，与北面保淑塔对峙，一湖映双塔，夕阳西照时，塔影横空，金碧辉煌。
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